علی‌اکبر صالحی، رییس سازمان انرژی هسته‌ای ایران، با انتقاد از مصوبه اخیر مجلس درباره برنامه هسته‌ای ایران گفت: می‌گویند هزارتا سانتریفیوژ آی‌آر۶ بسازید، اما نگفته‌اند پولش را کی می‌دهد؟ این یک نقص جدی قانون است. من تعجب می‌کنم شورای نگهبان چگونه این قانون را تصویب کرده است.»
صالحی در گفت‌وگویی با سایت خبری انتخاب که روز دوشنبه اول دی‌ماه منتشر شد، در این زمینه تاکید کرد: «این‌ها [نمایندگان مجلس] یا نمی‌دانند منابع داخلی ما چه قدر است یا نمی‌دانند ارزش هر سانتریفیوژ آی‌آر۶ چقدر است.»
مجلس شورای اسلامی به تازگی طرحی را تصویب کرد که دولت را موظف می‌کند غنی‌سازی اورانیوم را در سطح ۲۰ درصدی عملیاتی کرده و در صورت عدم رفع تحریم‌های نفتی و بانکی ظرف سه ماه، اجرای پروتکل الحاقی را متوقف کند.
این مصوبه با انتقاد دولت حسن روحانی و همچنین سه کشور اروپایی فرانسه، آلمان و بریتانیا روبه‌رو شد.
رییس سازمان انرژی هسته‌ای ایران با دفاع از «امتیازات» اجرای پروتکل الحاقی برای ایران گفت: «از همکاری‌های فنی آژانس ما کلی داریم استفاده می‌کنیم. هر سال چه قدر کارگاه‌های آموزشی برقرار م‌شود. مهندسان و کارشناسان ما هر سال چند بار به آژانس می‌روند به کشورهای مختلف می‌روند. بسترش را اژانس فراهم کرده که آموزش ببینند و خدمت کنند. اگر ما بخواهیم جزو آژانس نباشیم، در این معاهدات هم نباشیم این امتیازات را هم نخواهیم داشت.»
صالحی همچنین در واکنش به اظهارات اخیر فریدون عباسی، رییس پیشین سازمان انرژی هسته‌ای ایران و از منتقدان سیاست‌های هسته‌ای دولت که گفته بود «اگر شده تا پای جنگ هم می‌ایستیم»، گفت: « از منظر خودشان این آمادگی را دارند که شخصا تا این حد جلو بروند… اما مسائل جنگی مربوط می‌شود به مقامات ارشد نظام.»
صالحی شخص خامنه‌ای را «تعیین‌کننده صلح و جنگ» در نظام جمهوری اسلامی معرفی کرد و ادامه داد: «با این روش‌ها که نمی‌شود کشورداری و حکمرانی کرد که همه چیز را قطع کنیم. معزول از دنیا کنیم. در هیچ کنوانسیونی نباشیم. در هیچ قراردادی نباشیم. دور کشور را ببندیم. خفه می‌شویم این جوری.»
درخواست‌ها برای خروج ایران از نظارت آژانس بین‌المللی انرژی اتمی پس از کشتن محسن فخری‌زاده، عضو ارشد سپاه پاسداران و یکی از طراحان برنامه موشکی و هسته‌ای جمهوری اسلامی شدت گرفت.
منتقدان اصولگرای دولت حسن روحانی بازرسان آژانس را «جاسوس» می‌خوانند و گفته‌اند که دولت به این بازرسان اجازه داده بود تا با فخری‌زاده دیدار و گفت‌وگو کنند.
اما صالحی دیدار بازرسان آژانس با فخری‌زاده را تکذیب کرد و گفت اگر کسی چنین ادعایی می‌کند «سندش را بیایند منتشر کنند».
او با اشاره به مسئولیت فخری‌زاده در امور «پدافند هسته‌ای»، گفت فخری‌زاده «در مذاکرات برجام اصلا حضور نداشت، اما مورد مشورت قرار می‌گرفتند.»
در حالی که دولت جمهوری اسلامی امیدوار است که دولت آینده آمریکا به توافق هسته‌ای وین بازگردد، رییس سازمان انرژی هسته‌ای بار دیگر از برجام دفاع کرد و گفت: «می‌گویند چرا [برای برجام] قسم خوردی؟ قسمم را الان دو برابر می‌خورم. الان همه امور صنعت هسته‌ای در حال پیشروی است.»
