بعد از حذف فله‌ای کاندیداها و به‌طور مشخص حذف حسن خمینی توسط شورای نگهبان خامنه‌ای، حملات متعددی از جانب آخوندهای دانه درشت حوزه علیه شورای نگهبان صورت گرفت. که مهمترین آنها، تهاجم شدید و بی‌سابقه رفسنجانی در فرودگاه مهرآباد در روز 12بهمن بود
. وی در این سخنرانی رودرروی خامنه‌ای گفت: «شما صلاحیت خود را از کجا آورده‌اید؟ چه کسی به شما اجازه داده است که قضاوت کنید؟ چه کسی به شما اجازه داد که یکجا بنشینید و داوری کنید؟ برای مجلس و دولت و جاهای دیگر و اختیارات را در دست بگیرید؟ چه کسی اجازه داد که اسلحه برای شما باشد و تریبونها برای شما باشد؟ چه کسی اجازه داد که تربیونهای نماز برای شما باشد و صدا و سیما برای شما باشد؟ چه کسی به شما اینها را داد؟»
در همین رابطه چندین مرجع حوزه قم در تایید حسن خمینی وارد صحنه شدند و وی را با تیزترین عبارات تأیید کردند از جمله:
محمدتقی فاصل می‌بدی، عضو مجمع مدرسین و محققان حوزه علمیه قم ضمن صحبت از رد صلاحیت داوطلبان می‌گوید: «برای ما هم قضاوت کردن در قبال این مسأله سخت است برای اینکه یک ناهماهنگی انسان احساس می‌کند که در شورای نگهبان راجع به رد صلاحیتها وجود دارد مخصوصاً راجع به آقای سیدحسن خمینی خیلی جریان مبهم است اینکه واقعاً چه کسی پشت قضیه بوده و برچه اساسی، برچه مبنایی ایشان را رد کرده‌اند اصلاً روشن نیست. الآن عده‌یی را بدون امتحان قبول کرده‌اند مثلاً بعضی از افرادی که از قم شرکت کرده بودند و جاهای دیگر که سوادشان هم از نظر من که در حوزه هستم از سیدحسن خمینی واقعاً کمتر بود برای اینکه ایشان هم کرسی درسش پررونق‌تر است هم تألیفات زیادی دارد هم سوابق حوزوی‌اش زیاد است... خیلی از مراجع قم هم ایشان را تأیید کرده بودند با این وجود ایشان رد می‌شود. ... اینکه چه داستانی بوده چه چیزی پشت پرده بوده ما واقعاً نمی‌دانیم. هیچ‌کسی هم انتظار نداشت که کسی مثل ایشان از فیلتر شورای نگهبان نگذرد. حالا چه کسی یا چه کسانی آنجا در این جهت مخالفت کرده‌اند روشن نیست». (سایت یورونیوز 25بهمن)
همچنین آخوند حائری شیرازی امام جمعه قبلی شیراز و عضو مجلس خبرگان ارتجاع گفته است: ”اینکه بعضی امتحان نکرده پذیرفته نشده و بعضی پذیرفته شده‌اند یک معماگونه‌ای پیش می‌آورد... حوزه‌های علمیه مانند دانشگاه اتیکت‌دار نیست. اینکه افراد در دروس نمراتی را داشته باشند. از این جهت گاهی مراجع تقلید تقریرات خود را می‌بینند و تأیید می‌کنند“. (روزنامه حکومتی آرمان 11بهمن 94)
آخوند حسین عرب استاد دروس خارج فقه و اصول حوزه علمیه آخوندی طی نامه خود به شورای نگهبان در روز 22بهمن ضمن دفاع کامل از صلاحیت حسن خمینی می‌نویسد: «از جمله آثار وضعی این برخورد در مورد آقای حاج سیدحسن خمینی این بود که ضربه‌ای بزرگ به نهاد حوزه و مرجعیّت وارد شد. معلوم است که احترام امامزاده را متولی آن باید نگه دارد. وقتی که شما هیچ ارزشی برای مراجع بزرگ عملاً قائل نشدید چگونه از نسل جدیدی که دهها سؤال و شبهه در مسائل دینی دارند را می‌توان متعبد نمود که بی‌چون و چرا سخن بزرگان و مراجع عظیم‌الشأن را در دیگر مسائل دینی بپذیرند. وقتی که نهاد مرجعیّت این‌گونه عملاً مورد دهن کجی و بی‌مهری قرار می‌گیرد پر واضح است که هیچ احترامی برای علمای دیگر باقی نمی‌ماند».
اینها نمونه‌های اندکی از حملات آخوندهای حوزه علیه اقدام شورای نگهبان و مشخص رودرروی خامنه‌ای قرار گرفتن آنهاست.
این در حالی است که وقتی رفسنجانی شورای نگهبان را کاملاً زیر علامت سؤال برد و صلاحیت آنها را به چالش کشید و آنها را متهم کرد که هم زور و هم تبلیغات و هم منابر را قبضه کرده‌اند، صدایی از این همه آخوند و مدرس حوزه برنخاست. بعبارت دیگر در جریان رد صلاحیتها، آنچه نصیب خامنه‌ای از حوزه و اساتید و مراجع آن بود دفاع از حسن خمینی و بعضی دیگر از آخوندهای رد صلاحیت شده بود ولی زمانی که شورای نگهبان مورد حمایت خامنه‌ای که به صراحت مخالفت با آنها را نفی حق الناس و تبعیت از آنها را تأکید کرده بود، مورد تهاجم شدید قرار گرفت صدایی از آنها در نیآمد و عملاً به این شکل رویارویی حوزه و اساتید آن را با خامنه‌ای نشان دادند.
واقعیت این است که در جنگ و جدال این روزها که به حوزه و مراجع کشیده شده است به خوبی روشن است که چه میزان ولی‌فقیه ارتجاع، طلسم‌شکسته و منزوی است.
