براساس مصوبه شورای عالی امنیت ملی،برای اعطای مرخصی بزندانیان امنیتی، باید ابتداضابطان امنیتی یعنی وزارت اطلاعات یاسازمان اطلاعات سپاه دراینموردنظربدهند
جمعی از وکلای دادگستری و خانواده‌های زندانیان سیاسی در یک نامه به رئیس‌جمهوری ورئیس قوه قضائیه خواستار لغومصوبات پنهانی» شورای امنیت ملی ایران علیه زندانیان سیاسی شدند.
نویسندگان این نامه خطاب به ابراهیم رئیسی، رئیس شورای عالی امنیت ملی ایران، و غلامحسین محسنی‌اژه‌ای رییس قوه‌قضائیه، به مصوبه‌ای اشاره کردند که این شورا در سال 1385 به زندان‌های کشور ابلاغ کرده و در آن بسیاری از تصمیم‌ها از جمله اعطای مرخصی به زندانیان، به نظر بازجویان و ماموران وزارت اطلاعات و «سازمان اطلاعات سپاه» مشروط شده است.
شورای امنیت ملی ایران در این مصوبه به ماموران امنیتی و بازجویان وزارت اطلاعات و سپاه که تحت عنوان «ضابط پرونده» معرفی شده‌اند، اختیاراتی بسیار فراتر از مقررات سازمان زندان‌های کشور می‌دهد و عملا سرنوشت زندانی را به دست آنان می‌سپارد.
با این وجود این مصوبه تاکنون به اطلاع عموم نرسیده و ابلاغ آن به صورت رسمی نگرفته است. نویسندگان نامه که شماری از آنان حقوقدان و وکیل دادگستری هستند، می‌گویند مصوبه مذکور پانزده سال پنهان نگه داشته شده و آنان بطور تصادفی در خلال مکاتباتی که با دادیار ناظر بر زندانیان سیاسی در دادسرای امنیت اوین داشته‌اند، از آن آگاه شده‌اند.
نویسندگان این نامه ضمن اشاره به این که مصوبه شورای عالی امنیت ملی و بخشنامه‌های پنهانی مشابه «مستمسک نهادهای امنیتی برای سیطره بر سرنوشت زندانیان سیاسی» بوده، تصریح کرده‌اند که آن را با «اصل حیاتی و فوق‌العاده مهم استقلال قضائی در تضاد آشکار دیده و آن را غیر‌قانونی می‌دانیم.»
مقامات حکومت ایران همواره مدعی استقلال قوه قضائیه بوده‌اند. با این حال رئیس این قوه توسط رهبر تعیین می‌شود و به عنوان بازوی مجازات و مشت آهنین رهبر ایران تلقی می‌شود. قوه قضائیه ایران در دهه‌های اخیر بیش از گذشته به همکاری با نهادهای امنیتی و اطلاعاتی روی آورده، به نحوی که زندانیان سیاسی بطور کامل تحت کنترل وزارت اطلاعات و سازمان اطلاعات سپاه قرار گرفته‌اند.
