او كه با پايان مرخصي چند روزه‌اش به زندان بازگشته بود مطلع شد كه مجازات زندانش معلق شده است. آقاي منتظري براي انتشار فايل جلسه پدرش با مسئولان اعدام زندانيان سياسي در سال ۱۳۶۷ به اتهام اقدام عليه امنيت ملي، انتشار اسناد سري و تبليغ عليه نظام در دادگاه ويژه روحانيت به ۲۱ سال حبس تعزيري و خلع لباس روحانيت محكوم شد كه دادگاه به دليل فقدان سابقه كيفري، سن و "ارزش و حرمت خون برادر شهيدش" حكم به اجرا شدن شش سال حبس داد. انتشار فايل جلسه موجي از واكنش‌ها را برانگيخت. در آن جلسه آيت‌الله منتظري به حسنيعلي نيري، مرتضي اشراقي، مصطفي پورمحمدي و ابراهيم رئيسي هشدار مي‌داد اعدام گسترده زندانيان سياسي، كه به دستور آيت‌الله خميني انجام شد، "بزرگترين جنايت" است. مجتبي لطفي، مسئول اطلاع رساني دفتر آيت الله حسينعلي منتظري در زمان حيات او، با تاييد تعليق حكم احمد منتظري به بي‌بي‌سي گفت كه "از همان روز كه ايشان را به زندان بردند، مراجع تقليد تلاش گسترده اي كردند تا ايشان آزاد شود.".... احمد منتظري اوايل اسفند زنداني شد اما به سرعت به مرخصي فرستاده شد ».
