وب‌سایت رسمی دفتر حفظ و نشر آثار خامنه‌ای با انتشار یاداشتی ضمن اشاره به دیدارهای محسن فخری‌زاده با رهبر جمهوری اسلامی، تاکید کرد که به دلیل گزارش‌هایی در خصوص عدم رعایت مسائل حفاظتی، خامنه‌ای به فخری‌زاده درباره حفاظت از خودش هشدار داده بود.
پیشتر علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران، نیز روز دهم آذر ماه، با بیان اینکه «دشمن ۲۰ سال است که به دنبال به شهادت رساندن ایشان [فخری‌زاده] بود، اما تا به حال ناکام بود»، گفت که نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی حتی «محل بروز حادثه احتمالی» در مورد فخری‌زاده را پیش‌بینی کرده بودند.
با این حال شمخانی گفت که «این بار هم سیستم‌های اطلاعاتی کشور با دقت احتمال وقوع حادثه علیه ایشان و محل بروز احتمالی حادثه را پیش‌بینی کرده بودند» اما «به دلیل تواتر اخبار در این ۲۰ سال متاسفانه جدیت مورد نیاز اعمال نشد و این بار آن‌ها موفق شدند.»
تاکنون سخنان ضد و نقیضی از سوی مقام‌های جمهوری اسلامی و نیز رسانه‌های نزدیک به سپاه پاسداران درباره جزییات و چگونگی کشته شدن محسن فخری‌زاده در آبسر دماوند منتشر شده است. با این حال ویژگی سایت رسمی دفتر نشر و آثار خامنه‌ای اما «عدم جدیت» دستگاه‌های اطلاعاتی مورد اشاره شمخانی را در یادداشتی که منتشر کرد متوجه محسن فخری‌زاده کرده است.
نویسنده یادداشت سایت رسمی دفتر حفظ و نشر آثار خامنه‌ای، یکی از روحانیان نزدیک به بیت رهبر جمهوری اسلامی به نام عبدالحسین خسروپناه است که پیشتر در دوره‌ای به ریاست انجمن حکم و فلسفه نیز منصوب شده است و در این یادداشت به ارتباط مستقیم و دیدارهای خصوصی فخری‌زاده با خامنه‌ای اشاره کرده است.
عبدالحسین خسروپناه در یادداشت منتشر شده در سایت دفتر حفظ و نشر آثار خامنه‌ای، با اشاره به دیدارهای فخری‌زاده با رهبر جمهوری اسلامی، نوشت: «یکی از تاکیدات حضرت آقا[خامنه‌ای] به فخری‌زاده این بود که حفاظت خودش را جدی بگیرد چون ظاهرا به آقا گفته بودند او رعایت نمی‌کند و جاهای مختلفی می‌رود.»
نویسنده سایت رسمی خامنه‌ای به نوع، میزان یا مصداق «رعایت نکردن» مسائل حفاظتی از سوی فخری‌زاده اشاره نکرده اما عنوان کرده که او با وجود خطرات احتمالی به «جاهای مختلفی» می‌رفت.
در یادداشت منتشر شده در سایت رسمی دفتر علی خامنه‌ای با اشاره به اینکه «دشمن سال‌ها به‌دنبال ترور فخری‌زاده بود و قطعا بیش از ده سال برای او نقشه کشیدند»، تاکید شده که «این ترور هم یک کار مطالعاتی قوی بود که توانستند این‌قدر دقیق و ظریف با کمک عوامل نفوذی، رفت‌وآمد ایشان را شناسایی کنند.»
این سایت درباره عاملان احتمالی کشتن فخری‌زاده از دو عنوان «صهیونیست‌ها و منافقین» استفاده کرده در ادبیات سیاسی مقام‌های جمهوری اسلامی اشاره ضمنی به «اسرائیل و سازمان مجاهدین خلق» است اما به صراحت از هیچ یک از این دو نام نبرده است.
علاوه بر این، در این یادداشت تاکید شده که فخری‌زاده «برای دشمن خیلی مهم بود و بارها و بارها نقشه ترورش را ریختند و موفق نشدند و شکست خوردند، ولی این بار با یک چنین گروه تروریستی حمله کردند»، ولی توضیحی درباره ماهیت «گروه تروریستی» مورد اشاره نیز بیان نشده است.
خسروپناه در این یادداشت درباره نحوه ارتباط خود با فخری‌زاده نیز نوشته که در دوره مدیریت خود بر انجمن حکمت و فلسفه، محسن فخری‌زاده که با نام مستعار حسن محسنی شناخته می‌شد به سراغش رفته و در فاصله سال‌های ۹۳ تا ۹۵ در جلساتی درباره فیزیک و فلسفه شرکت می‌کرده است.
نویسنده سایت رسمی خامنه‌ای در این همچنین به «جناح‌های مختلف» هشدار داده «مراقب باشند که دشمن هدفش ایجاد تفرقه بین حاکمان و احزاب سیاسی است» و تاکید کرده که «فخری‌زاده نه خودش راضی است و نه حکمت اقتضا می‌کند که باعث تفرقه بین جناح‌های سیاسی شود» و این اختلافات «مجموعه‌ی امنیتی را تضعیف کند.»
