نایب رئیس مجلس دهم در نامه‌ای به ابراهیم رئیسی از او خواسته رویه‌های غیرقانونی و پدیده‌های عجیب در قوه قضاییه را بررسی کند. ورود افراد غیرمسئول در “پرونده‌های جاسوسی” و حدود اختیار دادستان‌ها از نکات مورد اشاره اوست.
علی مطهری در نامه‌ای به رئیس جدید قوه قضاییه ایران، پنج نمونه از رویه‌های جاری در این دستگاه را برشمرده و خواستار رسیدگی ابراهیم رئیسی به این موارد شده است.
نخستین اشاره او، به فهرست وکلای مورد تایید قوه قضاییه و الزام متهمان امنیتی و سیاسی به انتخاب وکیل از این فهرست باز می‌گردد. مطهری می‌نویسد تبصره‌ای که به ماده ۴۸ قانون آیین دادرسی کیفری افزوده شده، با حق انتخاب آزاد وکیل و با عدالت و قانون اساسی مغایرت دارد و “موجب تبعیض ناروا میان وکلای دادگستری” شده است. او از ابراهیم رئیسی خواسته که جلوی ادامه این روند را بگیرد.
طبق اصل ۳۵ قانون اساسی ایران در همه دادگاه‌ها طرفین دعوا حق دارند برای خود وکیل انتخاب کنند اما در تبصره ماده ۴۸ قانون جدید آیین دادرسی کیفری مقرر شده که در مرحله مقدماتی و تحقیق پرونده‌های جرایم امنیت داخلی و خارجی، طرفین دعوی وکیل یا وکلای خود را از بین وکلای مورد تایید رئیس قوه قضاییه انتخاب کنند. انتشار فهرست وکلای مورد اعتماد قوه قضاییه در بهار ۹۷ با اعتراض گسترده وکلای مستقل روبرو شد.
علی مطهری “دادگاه ویژه روحانیت” را نیز نالازم خوانده و گفته است: «به نظر اینجانب اساسا ضرورت دادگاه ویژه روحانیت به اوایل انقلاب بر می‌گردد و معلوم نیست امروز دادگاه خاص برای روحانیت که انسان را به یاد حکومت طبقاتی ساسانیان می‌اندازد به صلاح کشور باشد.»
مطهری به پرونده شکایت شخصی خودش از دادستان مشهد اشاره کرده که دو سال است بلاتکلیف مانده است. او خطاب به رئیسی می‌نویسد: «دادستان مذکور زمانی درس طلبگی خوانده و ملبس به لباس روحانیت نیست. معلوم نیست چرا پرونده‌اش به دادگاه ویژه روحانیت رفته است.»
۲۹ آبان سال ۹۵ قرار بود علی مطهری در تالار رازی مشهد به مناسبت اربعین سخنرانی کند اما مراسم به دستور دادستان مشهد لغو شد. مطهری آن زمان لغو برنامه‌اش را “داعش‌گونه” توصیف کرد و در نامه‌ای به حسن روحانی، استاندار و شورای تامین استان را “مسلوب الاختیار” خواند و خواستار “نجات مشهد از استبداد” شد.
علی مطهری در نامه به رئیسی، ملزم کردن شاکی یک روحانی به مراجعه به دادگاه ویژه و استفاده از وکلای مشخص روحانی را نیز، سلب حق آزادی افراد در انتخاب وکیل خوانده است.
او هم‌چنین از رئیس جدید قوه قضاییه خواسته که در پرونده‌هایی با اتهام جاسوسی، جلوی ورود افراد غیرمسئول گرفته شود: «اکنون پرونده‌هایی در قوه قضائیه مفتوح است که میان دو نهاد اطلاعاتی کشور مورد اختلاف است. یکی متهم یا متهمان را جاسوس می‌داند و دیگری که مرجع تخصصی تشخیص جاسوسی در کشور است آنها را جاسوس نمی‌داند.»
مطهری افزوده که اختیارات ویژه رئیس سابق قوه قضاییه برای تسریع صدور احکام اخلالگران اقتصادی به پرونده‌های دوران بحران اخیر بر می‌گردد و نباید پرونده‌های گذشته را شامل شوند. بر اساس اختیاراتی که علی خامنه‌ای به صادق لاریجانی داد، به غیر از محکومان اعدام، حق درخواست تجدیدنظر از سایر متهمان گرفته شده و وکیل نیز باید مورد تایید رئیس قوه قضاییه باشد. مطهری می‌نویسد: «شنیده‌ها حاکی از آن است که شامل برخی پرونده‌های گذشته نیز شده است. به هرحال تدبیر لازم را مبذول فرمایید.»
علی مطهری اعلام جرم علیه نمایندگان مجلس به خاطر نطق میان دستور آنها را نیز یک پدیده عجیب خوانده است: «یک دادستان علیه نمایندگان مجلس به خاطر نطق میان دستور آنها که شامل هیچ توهین و افترایی هم نبوده است صرفاً به خاطر این که در موردی منطبق با نظر رسمی حکومت نبوده اعلام جرم کرده است. این اقدام خلاف اصول ۸۴ و ۸۶ قانون اساسی است.»
موضوع مورد اشاره مطهری به اعلام جرم دادستان تهران از غلامرضا حیدری و پروانه سلحشوری به دلیل نطق میان دستور آنها در شهریور ۹۷ می‌گردد. خانم سلحشوری در ۱۳ شهریور ۹۷ به ضرب و شتم یک دختر جوان توسط گشت ارشاد اعتراض کرده بود. غلامرضا حیدری نیز گفته بودٰ: «… سفارت آمریکا را اشغال کردیم که نقطه آغازینی برای شروع تحریم و جنگ شد و جنگ تحمیلی را حتی پس از فتح خرمشهر ادامه دادیم تا به جایی رسید که امام در پذیرش قطعنامه فرمودند جام زهر را می‌نوشم.»
مطهری یادآوری کرده که نمایندگان در بیان نظرات خود آزادند و حداکثر یک نماینده دیگر در نطق میان دستور پاسخ ناطق را می‌دهد: «اصولا خوب است در باره دادستان‌هایی که معتقدند اختیارات آنها فقط یک بند انگشت از اختیارات خدا کمتر است تصمیم مقتضی بگیرید.»
