مقیمی سرپرست دانشگاه تهران در مراسم تودیع نیلی احمدآبادی، رییس سابق دانشگاه تهران، گفت: ما نیاز داریم در حوزه فعالیت‌های دانشجویی تحرکی اتفاق بیفتد هرچند فعالیت‌های سیاسی مشکلاتی نیز خواهد داشت اما نباید صورت مساله را حذف کنیم و نگذاریم دانشجویان فعالیت سیاسی انجام بدهند ولی انجام این فعالیت‌ها باید با رعایت خط قرمزها باشد.
محمود نیلی احمدآبادی رییس دانشگاه تهران بیستم شهریور ماه یک روز پس از متن نامه او به غلامحسین محسنی‌اژه‌ای، رییس قوه قضاییه، برای درخواست آزادی کسری نوری دانشجوی زندانی این دانشگاه منتشر شد، از سمت خود برکنار شد.
محمدعلی زلفی‌گل، وزیر علوم دولت رئیسی، بلافاصله پس از برکناری نیلی احمدآبادی از ریاست دانشگاه تهران، در حکمی محمد مقیمی را به عنوان سرپرست دانشگاه تهران منصوب کرد.
در حکم وزیر علوم خطاب به محمد مقیمی آمده بود که «انتظار می‌رود با پیروی از آموزه‌های اسلامی، مبانی علمی و روحیه انقلابی» و با استفاده از تمامی امکانات مادی و معنوی این دانشگاه، سیاست‌های دولت رئیسی، «برنامه‌های اسناد بالادستی، مرجعیت و دیپلماسی علمی» و محورهای سند «دانشگاه اسلامی» را محقق کرده و به «پیشبرد اهداف نظام» و «منویات رهبر»[خامنه‌ای] کمک کند.
برکناری رییس دانشگاه تهران واکنش‌های گسترده‌ای درپی داشت. فیاض زاهد، از چهره‌های اصلاح‌طلب و استاد دانشگاه، طی یادداشتی در روزنامه اعتماد خطاب به ابراهیم رئیسی نوشت: به اسامی روسای قبلی دانشگاه تهران در پیش از انقلاب و پس از آن نگاهی بیندازید. چرا می‌خواهیم مفاهیم و کلمات و فضیلت‌ها را به سخره بگیریم. استاد تمامی را که فارغ‌التحصیل صنعتی شریف و توکوهوی ژاپن را برکنار و به جایش فردی انتخاب می‌شود که حتی یک کار علمی معتبر در کارنامه‌اش نیست.
مقیمی پنجاه ساله طی دو دهه گذشته علاوه بر تدریس مدیریت در دانشگاه تهران، پله‌های ترقی در جمهوری اسلامی را به سرعت طی کرده است و سمت‌هایی در هیات‌های گزینش استادان و همچنین معاون اداری و مالی دانشگاه تهران داشته است.از جمله آثار محمد مقیمی کتابی با عنوان «رهبری اﺧﻼصﻣﺪار ﺟﻮﻫﺮه ﻣﮑﺘﺐ ﺷﻬﯿﺪ ﺳﻠﯿﻤﺎﻧﯽ» درباره قاسم سلیمانی فرمانده پیشین و کشته شده نیروی قدس شاخه برون مرزی سپاه پاسداران است.
علاوه بر این، سرپرست فعلی دانشگاه تهران پس از کشته شدن ۱۷۶ سرنشین پرواز پی‌اس-۷۵۲ هواپیمایی اوکراین اینترنشنال با دو موشک سپاه پاسداران، مقاله‌ای با عنوان «مدیریت بحران بر مبنای عذرخواهی به سبک سردار حاجی‌زاده» در ستایش امیرعلی حاجی‌زاده، فرمانده نیروی هوافضای سپاه پاسداران و از متهمان اصلی کشتار سرنشینان این هواپیما نوشت.
فضای دانشگاه‌ها از جمله دانشگاه تهران در دوره روسای قبلی نیز به شدت امنیتی بود و ده‌ها دانشجو در جریان اعتراضات دی ۹۶ و آبان ۹۸ از سوی نیروهای امنیتی در داخل دانشگاه بازداشت و زندانی شدند.
با این حال اکنون درحالی که مقام‌های وزارت علوم از احتمال بازگشایی حضوری دانشگاه‌ها در آبان ماه خبر داده‌اند، محمد مقیمی پیشاپیش هشدارهای خود درباره برخورد با دانشجویان معترض به جمهوری اسلامی را به طور علنی و رسمی آغاز کرده است.
