او نخستین هنرمند ایرانی داخل کشور است که بر نقش مستقیم رهبر جمهوری اسلامی در تصمیم‌گیری‌های کلان مملکت از جمله مبارزه با بحران کرونا تاکید می‌کند.
آقای پناهی در این پیام در صفحه خود در اینستاگرام با انتشار بخش‌هایی از سخنرانی‌های رهبر جمهوری اسلامی در قالب ویدئویی کوتاه پرسیده است: «آیا وقت آن نرسیده که برای یک بار هم که شده پاسخگوی سخنان ضد ونقیض خود باشند و آیا به خطر انداختن جان هشتاد و پنج میلیون جمعیت ایران و مرگ صدها هزار نفر ارزش پاسخگویی دارد؟ محمد رسول‌اف، دیگر سینماگر برجسته ایرانی، نیز ساعتی بعد همین ویدئو را در توییتر منتشر کرد.
آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در دی‌ماه ۱۳۹۹ واردات واکسن آمریکایی و انگلیسی را ممنوع اعلام کرده و بر تولید واکسن داخلی تاکید کرد، اما با بالا گرفتن بحران در هفته‌های گذشته روز چهارشنبه، ۲۰ مرداد، کرونا را مسئله «اول و فوری» کشور خواند و خواستار تامین واکسن به هر شکل ممکن شد.
او در توئترش نوشت: ویدیو نشان می‌دهد دستورها را چه کسی صادر می‌کند. «آمر» و نقش «عاملان» این کشتار جمعی در یاد میلیون‌ها ایرانی می‌ماند.#روز_دادخواهی خواهد رسید.»
او پیشتر بیماری کرونا را تنها یک «بیماری کذایی» خوانده و گفته بود که «این بلا به نظر ما بلای آن چنان بزرگی نیست و از این بزرگ‌تر هم بلا وجود داشته. می‌توانند با دعا با توسلات خیلی از مشکلات را برطرف کنند.»
جعفر پناهی، کارگردان سینما، در اینستاگرام خود نوشته است: «به اشکال گوناگون می‌خواهند قصور ناکارآمدی نظام در مهار کرونا را به بهانه عدم رعایت پروتکل‌های بهداشتی از طرف مردم، لاپوشانی کنند و یا مسئولینی را مقصر جلوه دهند که هیچ اختیاری در تصمیم‌گیری‌های کلان کشور ندارند. در حالی که از همان روزهای نخست، شخص رهبر جمهوری اسلامی خط مشی‌ها را تعیین کرده است.»
نقش مستقیم آیت‌الله خامنه‌ای در تصمیمات خرد و کلان ایران که در چند سال گذشته برجسته‌تر شده موضوعی است که مقامات جمهوری اسلامی هرگز به آن اشاره نمی‌کنند؛ اما این موضوع حتی در گزارش رسانه‌های خارجی نیز مورد اشاره قرار می‌گیرد و بارها مقام‌های خارجی بر نقش اصلی او و نقش فرعی دولت تاکید کرده‌اند.
آقای پناهی به سخنرانی‌های رهبر جمهوری اسلامی اشاره کرده و می‌نویسد: «در ابتدا ویروس کرونا را کذب خواند. سپس درست زمانی که تمام دنیا تلاش گسترده جهت پیشگیری داشتند، با تمام توان سعی در بی‌اهمیت جلوه دادن آن نمود. زمانی هم که سران دیگر کشورها در رقابت برای خرید واکسن بودند، دستور عدم خرید واکسن های تائید شده را داد. حال که اکثر کشورها و حتی منطقه با تزریق به‌موقع واکسن تلفات را به حداقل رسانده اند، در ایران فقط نزدیک چهار درصد مردم واکسینه کامل شده‌اند و هر روز شاهد حداکثر آمار مبتلایان و تلفات هستیم.»
جعفر پناهی با اشاره به سخنرانی اخیر خامنه‌ای نوشته است: «به تازگی ایشان عنوان کرده اند که بیماری کرونا مسئله اول، فوری و فوتی کشور است، هرچند این گفته نوش‌دارویی بعد از مرگ صدها هزار نفر می‌باشد. آیا وقت آن نرسیده که برای یک بار هم که شده پاسخگوی سخنان ضد ونقیض خود باشند؟ آیا به خطر انداختن جان هشتاد و پنج میلیون جمعیت ایران و مرگ صدها هزار نفر ارزش پاسخگویی دارد؟»
در هفته‌های اخیر رکوردهای تازه‌ای از آمار کرونا در ایران ثبت شده و بسیاری از مقامات بهداشتی و درمانی در شهرهای مختلف درباره کمبود دارو و امکانات درمانی و نیروی انسانی هشدار داده بودند.
روند واکسیناسیون در ایران اگرچه در روزهای اخیر شدت گرفته ولی دستور منع خرید واکسن‌های کرونای بریتانیایی و آمریکایی توسط رهبر جمهوری اسلامی، تاخیر در خرید و واردات سایر واکسن‌های خارجی، ناتوانی ستاد اجرایی فرمان امام در تولید انبوه واکسن ایرانی کرونا سبب شد که برنامه واکسیناسیون کرونا در ایران با تاخیر و کندی مواجه شود و تعداد زیادی قربانی شوند.
